建院以來，水運院在不同歷史時期高質(zhì)量完成了一系列國家級和省部級重大科研課題，牽頭組織開展了多項重大科研攻關，取得了系列重要科研成果，創(chuàng)造了中國水運科技史的多項第一，有力的支撐了我國水運事業(yè)蓬勃發(fā)展。如與蘇聯(lián)專家合作研究和設計制造我國第一臺浮船吸煤機，規(guī)劃我國第一條國際集裝箱運輸航線，研發(fā)國內(nèi)第一只國際標準集裝箱，設計國內(nèi)第一臺岸邊集裝箱裝卸橋，開發(fā)第一套集裝箱碼頭管理信息系統(tǒng)等。

作為水運科學研究的國家隊，在交通運輸部黨組的正確領導下，水運院近年來始終以加快建設交通強國為使命，以水運科研高質(zhì)量發(fā)展為主題，以“政治建院、科研立院、改革興院、人才強院”建設為總抓手，持續(xù)瞄準“加快建設交通行業(yè)高端智庫和世界一流科研機構”愿景目標，深化“為政府決策提供智力支撐、為行業(yè)重大工程提供技術支撐”的職能定位，在為部服務、科技支撐引領行業(yè)發(fā)展等方面都做出了突出的貢獻。水運院深度參與我國水運發(fā)展戰(zhàn)略政策的研究和技術支撐工作，特別是在海運強國戰(zhàn)略、內(nèi)河優(yōu)勢發(fā)展戰(zhàn)略、長江航運高質(zhì)量發(fā)展、智能航運發(fā)展、建設世界一流港口、綠色航運等方面取得了多項重大研究成果。水運院在行業(yè)技術創(chuàng)新方面發(fā)揮了示范引領和支撐作用，如承擔了水上溢油應急處置關鍵技術、基于船岸協(xié)同的船舶智能航行與控制關鍵技術等重大國家科研項目的研發(fā)；研制的“水運一號”搭載長征11火箭成功發(fā)射，成為全球首個依托商業(yè)衛(wèi)星實現(xiàn)船舶在軌智能跟蹤拍攝的衛(wèi)星載荷。截止到2019年底，水運院共完成各類科研項目8000余項，獲得國家級科學獎勵30項，省部級科技獎勵400余項，專利近200項，軟件著作權百余項。

經(jīng)過多年發(fā)展，水運院形成了以“水運經(jīng)濟、安全應急、環(huán)保節(jié)能、現(xiàn)代物流、智能水運”五大科研領域為主、基本全面覆蓋水路交通運輸各個方向的專業(yè)體系，集咨詢服務、裝備研發(fā)、工程設計、航運服務、交流培訓五大產(chǎn)業(yè)板塊于一體的業(yè)務領域。

水運院總占地面積約17.2萬平方米，建筑面積約6.6萬平方米，在大興擁有一座占地208畝的大型綜合性實驗基地，在黃河小浪底庫區(qū)建有1000 余畝的洛陽華洋生態(tài)科技園，在天津和青島正在規(guī)劃建設海上溢油應急處置實驗基地和智能航運研發(fā)基地。建有1個國家國際科技合作基地、3個交通行業(yè)重點實驗室、5個院級重點實驗室和3個政府決策支持平臺。水運院創(chuàng)立出版《水運科技》《水運科學研究》《集裝箱運輸》和《船舶防污染》等多本內(nèi)部刊物，定期向行業(yè)提供《水路交通決策參考》，定期發(fā)布中國港口股票指數(shù)和中國航運股票指數(shù)，是研判水運行業(yè)經(jīng)濟運行形勢的重要指標。

截至2019年底，水運院現(xiàn)有7個機關職能部門、14個院屬機構、3個院管單位，18個院屬企業(yè)（含控股）、1個博士后科研工作站，掛靠有3個全國標準化技術委員會及分支機構、5個中國航海學會分支機構、7個專業(yè)工作機構。通過完善人才引進、培養(yǎng)和激勵機制，進一步加強了各類人才的統(tǒng)籌規(guī)劃，人才隊伍持續(xù)壯大，人才素質(zhì)明顯提升，人才結構不斷優(yōu)化。水運院現(xiàn)有職工1300人，其中在職職工1028人，離退休人員272人。院本部事業(yè)編制人員391人，其中碩士以上學歷占72.7%，具有高級專業(yè)技術職稱及以上占53.9%；企業(yè)及勞務人員152人。2016年1月，按照部黨組政事改革的要求，交通運輸部環(huán)境保護中心、中國海事服務中心、交通安全質(zhì)量管理體系審核中心三個中心成建制從部海事局劃轉(zhuǎn)至我院，交通運輸部環(huán)境保護中心在編職工23人；中國海事服務中心在編職工37人；北京中交綠通科技有限公司36人，華洋海事中心有限公司389人，此外還擁有船員4400人，每年向全球150家船東近400艘船舶派遣船員15000人次。

高層次人才培育力度不斷加大，人才儲備體系初步建立。其中，第三屆交通運輸部專家委員會委員3人，享受國務院政府特殊津貼8人次，交通運輸部“新世紀十百千人才工程“第一層次人才3人，首批新世紀百千萬人才工程國家級人選2人，交通運輸青年科技英才12人，交通運輸部科技創(chuàng)新領軍人才2人，航海學會科技貢獻突出人物5人，航海學會青年科技人才3人，院首席研究員3人，院青年首席研究員12人，院青年科技英才19人，歷年入選國家和省部級專家?guī)?00余人次。